《毒海风云》影片中主线是缉毒大队情报导侦，顺线追踪，撒下天罗地网，捣毁地下制毒工厂。缉毒警察马志强正气凛然，不顾个人安危，涉险潜入毒贩团伙内部，在缉毒战线做出突出贡献。
警方根据情报，抓获一批正在交易的毒贩。顺带加了一波反吸烟宣传，“吸毒和吸烟共同特征是一样使人上瘾，害人害己“，“抽着烟劝人戒毒，腰杆不硬”。
暴露马脚的秦小伟，很快被男主马志强率队捕获。秦小伟的供述中，提到耀龙和孔俊达两条供货渠道，进一步验证市内隐藏着一个规模很大的毒品生产加工窝点。
秦小伟为了包庇干姐姐曾淑娴（童飞 饰），答应做警方的线人，协助查案。马志强假扮秦小伟的狱友，化名大阳，按照特有的接头方式，联系上耀龙。
事与愿违，狡猾无比的毒枭岳伟豪早已令耀龙收紧神经，提高警惕，早早埋伏在接头地点，秦小伟当场被杀害。线索再次中断，大队长指示副队马志强继续扮演大阳，接近曾淑娴，顺藤摸瓜，找出幕后主使。
曾淑娴曾是歌厅的吸毒舞女，秦小伟出手相助，帮她戒毒。二人感情持续升温，但没跨过红线，一直保持着异性姐弟的关系。
秦小伟的死给曾淑娴带来巨大冲击，她报仇心切，真诚求助情人孔俊达，却换来一脸冷水。马志强借机帮曾淑娴除掉仇人龙哥，取得她的信任。耀龙并没有死，而是被警方带走。
如此一来，马志强便有了靠近孔俊达的机会。然而，孔俊达反侦查能力极强，拨打110试探马志强，差点儿溜走。
功夫不负有心人，马志强终于在孔俊达引路下，来到秘密制毒地点。
另一边，警方查到岳伟豪底细，推测他故技重施，不难想到之前调查过的饮料厂下面藏有猫腻。赵队迅速组织警力，立刻行动。
孔俊达对岳伟豪早有二心，私下搭建毒品生产线。岳伟豪需要孔俊达的制毒技术，所以对他睁一只眼闭一只眼。不过，当岳伟豪在痛失重要手下耀龙后，误以为孔俊达是凶手，撕破脸抓走了他的情人曾淑娴。
最后所有人都来到饮料厂，岳伟豪身旁的女杀手蝎子与耀龙杀害秦小伟时，见过马志强，一眼认出他的身份。双方激烈搏斗后，毒贩们全数落网。曾淑娴诞下一子，交给马志强，自己未能逃离火海。
致敬每一位缉毒英雄，缉毒永远在路上。